Trần Bảo Toàn sinh ngày 14/7/2000. Anh trưởng thành từ lớp năng khiếu của CLB HAGL. Vị trí sở trường của Bảo Toàn là tiền vệ công hoặc tiền đạo cánh.

Bảo Toàn từng là đội trưởng của các cấp độ U của HAGL. Tại đội bóng phố Núi, anh được các HLV đánh giá rất cao ở khả năng tấn công và tạo đột biến.

Bảo Toàn từng được mệnh danh là "tiểu" Văn Toàn vì sở hữu bộ kĩ năng và lối chơi khá tương đồng với người đàn anh.

Năm 2019, Bảo Toàn chính thức được đôn lên đội một HAGL. Song, cầu thủ sinh năm 2000 chỉ đóng vai kép phụ cho tới tận bây giờ.

Tính tới thời điểm hiện tại, Bảo Toàn đã có 38 lần ra sân cho HAGL ở V.League. Tuy nhiên, chỉ 4 trong số đó đến từ những lần đá chính.

Bảo Toàn từng kinh qua nhiều cấp độ ĐT Việt Nam. Năm 2018, anh từng được HLV Hoàng Anh Tuấn triệu tập lên ĐT U19 Việt Nam dự VCK U19 Đông Nam Á và VCK U19 Châu Á.

Năm 2020, Bảo Toàn góp mặt trong đội hình U23 Việt Nam dự VCK U23 Châu Á. Dấu ấn lớn nhất mà cầu thủ của HAGL có được tại cấp độ đội tuyển có lẽ ở VCK U23 Đông Nam Á 2022.

Ban đầu, Bảo Toàn không có tên trong danh sách U23 Việt Nam tham dự giải. Nhưng sau đó, do hàng loạt trụ cột nhiễm COVID-19, HLV Đinh Thế Nam phải triệu tập cầu thủ bổ sung. Bảo Toàn có tên trong danh sách này. 

Chân sút của HAGL ghi bàn duy nhất trong trận Chung kết với U23 Thái Lan, giúp U23 Việt Nam giành chiến thắng tối thiểu và vô địch.